El equipo científico ninja investiga en el océano después de recibir información de que una ballena gigante ha destruido un complejo petrolero. Así, descubren un submarino ballena gigante de Gálactor que dispersa a un grupo de ballenas reales y escapa. Ken y sus amigos echan una mano a regañadientes a Jinpei, quien intenta salvar a una cría de ballena superviviente de una manada de orcas. Sin embargo, en ese mismo momento, varios lugares fueron atacados, y reciben una severa reprimenda del doctor Nambu. Siguiendo los movimientos del ballenato al que le habían puesto un transmisor, el doctor sospecha que hay una base enemiga en una zona infestada de glaciares, y vuelve a dar la orden de partir.