Un cohete tripulado llamado Leona 3 ha sido lanzado al espacio transportando a dos jóvenes para resolver el misterio de la nebulosa galáctica. El Dr. Nambu, presente en el lanzamiento, es secuestrado por Katse. El equipo científico ninja comienza su búsqueda, pero al mismo tiempo ocurre un accidente en el Leona 3, que se encuentra fuera de la atmósfera. Si el cohete continúa así, se estrellará contra la Tierra y causará graves daños. El único que puede detenerlo es el Dr. Nambu, y el equipo ninja se apresura a encontrarlo...