Mulder y Doggett investiga el incendio de un laboratorio de genética donde fue asesiando uno de los doctores que investigaba la fertilización alienígena. Allí encuentran a Billy Miles, que ha sido cambiado por una réplica tras ser abducido y trata de hacer desaparecer las pruebas. Cuando descubren que una mujer que ayuda Scully forma parte de la conspiración, los agentes, con Monica Reyes y Alex Krycek, se ocupan de proteger Scully y a su bebé.