Iker Jiménez comienza el programa hablando de las acciones del testigo número uno del caso Arny y retrocede en el tiempo para investigar los fallos de la sociedad. Además, ‘Cuarto Milenio’ analizará diversas imágenes de las supuestas apariciones marianas que cuatro niñas de la localidad cántabra de San Sebastián de Garabandal aseguraron protagonizar desde julio de 1961 hasta junio de 1965. Por otro lado, el programa abordará las incógnitas que rodearon a un hecho que tuvo lugar en Cádiz el 18 de agosto de 1947: la explosión accidental de un depósito de explosivos de la Armada que provocó grandes daños en la ciudad y causó más de un centenar de víctimas, entre otros contenidos.